En el año 1259, el obispo Suero acuñó a Zamora como aljama para lo cual, seguramente, además del número de familias e impuestos, consideró la existencia de uno o más espacio de oración. El primer registro oficial de una sinagoga en la ciudad lo tenemos en el año 1283 bajo el reinado de Sancho IV.
Poco más de un siglo después, en 1411, durante uno de sus sermones en la cercana Salamanca, el predicador Vicente Ferrer refierió una Sinagoga Mayor en Zamora de lo cual podemos inferir que la población hebrea de la ciudad había crecido y que muy posiblemente existiesen otras “menores”.
Años más tarde, en 1417, tenemos el dato de Juan II donando el altar de una sinagoga al claustro de Santa María de Dueñas. Y en 1419, luego de su conversión, la viuda de un miembro de la familia Benavento entregó una sinagoga, a todas luces privada, a la iglesia. Dicha sinagoga se encontraba en las inmediaciones de la iglesia de Santa María la Nueva.
Sabemos que por esa época Zamora ya era el centro de los estudios judíos en la península ibérica, liderado por el R. Isaac Campantón (1360-1463) y al que acudían estudiantes de todos los reinos, incluido el de Portugal. Tenemos documentación histórica sobre la participación de Campantón, junto a otros sabios judíos castellanos y leoneses, en la organización de las juderías y aljamas de la región después de los ataques violentos de 1391.
De entre varias referencias sobre la importancia de Campantón para la tradición judía, tomamos la de R. Eliyahu Capsali (en El Judaísmo Hispano, traducción de Yolanda Moreno Koch, 2005, pp. 127-28), cuya crónica de la vida en Sefarad, es una de las más autorizadas por los historiadores:
Estableció Adonay un salvador para Israel, un gran hombre, fuerte y vigoroso, sabio y capaz de mover montañas, intrépido entre los valientes, el sabio, el gran Rab R. Yishaq Campantón, sea su recuerdo para bendición, que restableció a los sacerdotes en sus funciones y a los levitas en su servicio religioso y a Israel en su rango: restituyó la corona (de Adonay) a su condición primordial. Formó a muchos alumnos e hizo una cerca de la Torah.
De sus mejores alumnos y amigos hubo cuatro que bebieron siempre agua viva y buena y figuraban en los escritos (Núm. 11,26): en el nombre del primero, capaz de mover montañas y molerlas, la luz sagrada, el ingenioso, el alegre Rab. R. Yishaq Aboab, sea su recuerdo para bendición, quien sólo tenía un ojo, fue único en su generación. El nombre del segundo sinay, - Adonay vino desde el Sinaí (Deut 33,2) -, el más importante de su pueblo y de los rabinos de su nación el sabio R. Yishaq de León. El nombre del tercero el que está sentado en cátedra, el más sabio gusanillo (2 Sam 23,8), el sabio R. Yosef Hayyún, sea su recuerdo para bendición, está tullido de ambos pies. Y el cuarto río es el Eúfrates (Gen 2, 14) cuyas aguas son fructíferas y abundantes, el sabio Simón Meme, sus aguas estarán seguras (Is 33,16), con las fieles misericordias prometidas a David (ibid 55,3).Y a continuación entonces, aparece una anécdota mítica, cuyo significado ubica a estas cuatro figuras en el lugar la sinagoga, situada por estos años en la actual Plaza de San Sebastián y la ciudad – Zamora- con las cuales se identifica la transmisión del legado judío en Sefarad antes de la expulsión y en la diáspora:
Una vez, estando sentadas estas cuatro personalidades en el umbral de la sinagoga, pasó un hombre sabio por entre ellos, les miró y dijo: “sobre una piedra hay siete ojos, que son los ojos de Israel, su luz, sus cedros y lo más selectos de sus valientes”. Por medio de los cuatro sabios se extendió la Torah en Sefarad, en Portugal y en el Magreb. Por todo lugar al que iban iba también ante ellos gloriosamente la bendición. Y si no fuera por esto no hubiera quedado nada. Estos sabios fueron anteriores a la expulsión, una pequeña minoría, sin importancia (Is 16, 14)(…)De esta forma, simbólica, poética, la más alta representación estética en la época renacentista y barroca, entra la Sinagoga Mayor de Zamora en el flujo histórico de la diáspora sefardí, perpetuando el conocimiento, la enseñanza y la amistad de estos sabios en la memoria de la comunidad judía de la época. Su existencia es una marca de identidad que ilustra y sintetiza el imaginario peninsular sobre la ciudad de Zamora desde al menos el siglo XIII.
